因为虐待事件多发，日本出现了大量不知所踪的少年儿童。
据日本《读卖新闻》报道，日本全国超过4000名少年儿童去向不明，2月26日，日本厚生劳动省召集各地相关负责人召开专门会议，决定首次对全国范围内去向不明的未成年人进行调查。
因为相继发生去向不明少年儿童被虐待至死事件，日本厚劳省此举是为了确保少年儿童的人身安全。
调查要求，各地自3月起，通过与保健师等相关人员面谈，确认未成年人去向。调查分为两个阶段。第一阶段确认2014年1月1日以后上报过户籍却未接受婴幼儿保健诊疗的儿童，根据人数和性别进行统计，于5月末提交报告。此外，地方职员家庭访问时未见到的少年儿童也将算入在内。第二阶段，根据报告书统计，追踪去向不明少年儿童的去向，于10月末再度提交报告。此外，对无法确认其去向的理由和遇到的问题进行总结。
2012年11月，日本厚劳省认为“去向不明少年儿童被虐待的可能性很高”，要求各地对辖区所有少年儿童进行全面确认，由于调查不完全，无法确认全国范围内去向不明少年儿童的数量。
2013年11月，读卖新闻社对日本全国1742个市町村实施问卷调查，结果显示，37个都道府县去向不明的婴幼儿共计4176名。日本厚劳省表示，因地方调查能力有限，将要求日本文部科学省对此次调查予以配合。由于虐待死事件不仅发生在婴幼儿上，因此调查对象范围扩大至不满18岁的未成年人。
