北海道大学的前身为1876年（明治9年）为开发北海道而设立的札幌农学校。首任校长为美国马萨诸塞州农科大学校长克拉克博士。克拉克博士在返回美国时候，经过札幌附近的岛松时，骑在马上，对送别的师生们大声说了一句话，“青年们，要胸怀大志”（少年よ、大志を抱け Boys，be ambitious)。从此，这句话就成了北海道大学的校训流传至今。在克拉克博士离任后，他所宣讲的基督教精神仍留存在校园内，尽管该校为国立学校，但在学生中流“信耶稣誓约”，从中诞生了新渡户稻造，内村鉴三等日本战前杰出的基督教徒。
北海道大学综合楼
北海道大学的建校理念为进取精神，求实，国际性的修养等。1952年的东京大学校长矢内原忠雄这样评价：“明治初年，日本的大学教育中有两个中心。一个是东京大学，另一个就是札幌农学校。这两个学校打下了日本教育的国家主义和民主主义两大思想的基础。”“日本教育，至少是国立教育的两个源泉来自东京和札幌，从札幌发源的创造人的自由主义思想没能成为日本教育的主流，而从东京大学诞生的国家主义，国体论，皇室中心主义等思想，成为了支配日本教育的指导理念。这个思想发展到极致，就导致了太平洋战争。战败后，在重建日本教育的过程中，这种思想仍然存在。”
号称“榆树的森林”的札幌主校区，拥有177万平方米校园，设有12个学部和15个研究生院。共有15000名学生和4500名教职员工在这里从事教育研究。
北海道大学分为两个校区，札幌校区，位于札幌市中心的北大主校区，占地约为177万平方公尺，除位于函馆的水产学部外的所有学部，研究所和研究中心都设在这里。仅仅学生食堂就有10处以上，相当于一条小街的规模。
函馆校区 位于函馆市区。由水产学部和水产科学研究所组成。前身为札幌农学校水产学科，1935年改名为函馆高等水产学校独立于北大，1949年随着新制大学制度的施行，并入北海道大学，与农学部水产学科合并为现在的水产学部。
